Non si hanno notizie anteriori al 1309 quando tra le chiese di Giffoni viene indicata quella di S. Elia che ha come rettori Matteo de Protoiudice e Filippo Santomango.
Nel 1511 è parrocchia mentre nel 1542 risulta come rettoria conferita a Cesare Capone.
Nella visita pastorale del 1609 risulta che la chiesa ha una rendita di carlini 4 che vengono divisi tra il parroco ed il rettore in parti uguali. Il parroco celebra dall'altare maggiore nei giorni di domenica ed in quelli festivi, il lunedì per i defunti ed il sabato per la Vergine Arroccata ai piedi di una roccia.
La chiesa, nel corso dei secoli, ha subito numerosi interventi di manutenzione, non ultimo quello a seguito del sisma del 1980.